Beschermde, (lokaal) bedreigde of anderszins interessante natuurwaarden in een bepaald gebied worden met een natuurwaardenkaart vlakdekkend in kaart gebracht. Het gebied waarop de kaart betrekking heeft kan bijvoorbeeld het gebied van een gemeente of het werkgebied van een waterschap omvatten.

De kaart wordt opgesteld aan de hand van een uitgebreide bronnenstudie die waar nodig wordt aangevuld met een inschatting van potenties in delen van het gebied waar geen gegevens voorhanden zijn. Bij de bronnenstudie wordt gebruik gemaakt van beschikbare literatuur, natuurtoetsen, gegevens uit de Nationale Databank Flora en Fauna (NDFF) en gegevens van plaatselijke actieve natuurgroepen (KNNV, VWG, IVN). Het inschatten van potenties gebeurt op grond van ruimtelijk onderscheiden vlakken en lijnen waar afwijkende potenties voor verschillende soortgroepen te verwachten is.

Natuurwaardenkaarten bieden een goede basis voor het opstellen van gedragscodes of het ontwikkelen van beleid met betrekking tot behoud of versterking van natuurwaarden.