De overheid heeft een digitale omgeving ingericht voor alle uitgewerkte regels, namelijk het Digitaal Stelsel Omgevingswet (DSO). Alle vergunningsaanvragen met betrekking tot de Ow en het contact hierover lopen via het DSO.

Het is ook mogelijk ‘aan te haken’ bij het aanvragen van een omgevingsvergunning in het kader van de ‘Wet algemene bepalingen omgevingsrecht’ (WABO).

Het bevoegd gezag handhaaft bepalingen uit vergunningen en de eventuele werking van de Ow bij projecten waar geen vergunning voor is aangevraagd. Ook het volgen van gedragscodes wordt gehandhaafd door het bevoegd gezag. Mogelijke sancties zijn geldelijke boetes, strafrechtelijke vervolging en het stilleggen van werkzaamheden.

Wanneer negatieve effecten op beschermde natuurwaarden niet zijn uit te sluiten zijn en er geen alternatieven zijn, is meestal sprake van een flora- en fauna-activiteit en/of Natura 2000-activiteit. Hiervoor dient een omgevingsvergunning te worden aangevraagd. Afhankelijk van de precieze aanvraag dient deze onder meer vergezeld te gaan van:

• Een activiteitenplan waarin onder meer de locatie, de werkwijze, de te verwachten schade, de te nemen maatregelen, de alternatieven­studie en het wettelijk belang gedetailleerd worden beschreven.
• Een actuele en volledige inventarisatie naar het voorkomen van beschermde dier- en plantensoorten in het plangebied. Deze is drie 3 tot 5 jaar geldig.
• Een toets met betrekking tot Natura 2000 of andere gebiedsbeschermende regelgeving.