Alhoewel in de wet het begrip ‘habitattoets’ niet voorkomt, wordt dit begrip in de praktijk veel gebruikt. De habitattoets dient om vast te stellen of, en zo ja, onder welke voorwaarden een menselijke activiteit in en rondom een Natura 2000-gebied kan worden toegelaten.

Bij een habitattoets wordt een uitgebreide studie gedaan naar al de mogelijk te verwachten effecten van voorgenomen plannen op een beschermd gebied. Centraal in deze studie staat de kans op een ‘significant’ negatief effect op aangewezen te beschermen waarden binnen deze speciale beschermingszones. Het karakter van deze studie wordt vormgegeven door de aard van de plannen, in combinatie met de instandhoudingsdoelstellingen die zijn opgesteld voor al deze gebieden.

Binnen een habitattoets wordt door middel van een zogenaamde ‘voortoets’ bepaald of er kans is op een ‘significant’ negatief effect van een bepaald plan of ingreep. Een dergelijk plan of ingreep kan ook buiten Natura 2000-gebieden plaatshebben (externe werking).

Als uit de voortoets is gebleken dat een activiteit wel negatieve gevolgen heeft voor een Natura 2000-gebied, maar dat deze zeker niet significant zijn, wordt een ‘verslechteringstoets’ uitgevoerd waarbij de effecten in detail worden onderzocht.

Als een project of plan mogelijk een significant effect heeft wordt een ‘passende beoordeling’ opgesteld waarin de effecten gedetailleerd worden onderzocht en ook gekeken wordt naar alternatieven en de reden van de plannen. Het plan wordt dan ook getoetst in samenhang met andere plannen of projecten die vergelijkbare effecten kunnen hebben (cumulatietoets).